Dès sa création en 2011, la SFR Territoires s'est donnée comme objectif de développer des recherches innovantes, d'inciter des groupes de recherche pluridisciplinaires à s'emparer de sujets communs, d'organiser des publications communes afin d'en valoriser les retombées et de nourrir les formations universitaires. Aujourd'hui, la SFR Territoires co-construit ses décisions avec son conseil d'orientation scientifique (COS), composé de huit unités de recherche membres et présidé par Benoît Parent, directeur de l'Agence d'urbanisme (FNAU).